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行了一番安抚，之后率兵回到汉中。胜利的消息传到成都，后主立即下诏对诸葛亮予以嘉奖：“街亭之败，原因都在马谡，但您却勇于承担责任，自贬职务，寡人不愿违背您的意愿，所以顺从了您的意见。年前出师，斩杀了敌将王双，今年再出征，又赶跑了郭淮，招降了一批氐、羌部族，收复武都、阴平二郡，以神威震服了凶暴的敌人，建立了显赫的功勋。如今天下仍战乱不宁，最大的敌人仍然未除，您承担着讨伐敌人的大任，是国家的支柱，却长期贬抑自己，这不利于发扬宏大的伟业。所以，现在恢复您丞相的职务，您务必不要推辞！”
以右将军的身份行使丞相职权毕竟有许多不便，对于后主恢复自己丞相职务的诏书诸葛亮也没有再推辞。
回到汉中后，诸葛亮继续加紧了汉中的建设。
汉中的首府是南郑，诸葛亮率大军来到汉中，考虑到人马太多，大本营一直没有进驻南郑，而是安扎在阳平关附近一个叫石马的地方。为了今后长期在汉中驻军，诸葛亮利用这段相对空闲的时间，命人修筑了两座新城，巩固汉中的防卫。
一座新城在沔阳县即今陕西省勉县附近，称汉城；一座新城在城固县即今陕西省城固县附近，称乐城。这两座新城的位置，一个在南郑的东边，一个在南郑的西边，加强了汉中的防务。
诸葛亮把大本营也迁往南山之下，这里位于沔阳县城之南，是一处通往巴中的平原地带，地势开阔。诸葛亮抓紧这段相对平静的时间，发展汉中的生产，依托新城的修建，扩大屯耕面积，积蓄粮食，加强训练，为再次北伐做准备。在治军、选将方面，诸葛亮更是花了不少心思。诸葛亮素来以治政、治军严厉著称，他认为只有纪律严明才能提高战斗力，他主张平时严格训练，战时才能保持严明的纪律。他亲自抓作战训练，有些地方管得还很细，他曾发布过一道命令：“听到擂五通鼓的号令，应举黄、白两块幡合成的旗子，摆设三面对敌的圆阵。”
在选将用人方面诸葛亮也倾注了大量心血，他写了不少这方面的文章，内容包括好将领应有什么样的素质、有什么样的气度，应具备什么样的机变权谋，如何振奋士气、提高军队战斗力，如何肃军容、扬军威，如何发挥幕僚的作用，什么是将领的软肋，什么是不合格的将领等。
第三次北伐进攻武都郡的第一天，为砍敌人的鹿角，竟然一口气用坏了1000把斧子，幸好敌人已经跑了，否则再有敌人来就没有斧子可用了。这让诸葛亮很纳闷，不知道为什么斧子这么不经用。
