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后得长安、洛阳两头跑，自己一个人实在忙不过来，在选择王允之前他看好的人是朱儁，朱儁是当年讨伐黄巾军的3位主将之一，在军中素有威望，还担任过全国武装部队副总司令（右车骑将军），如能为己所用，那再好不过。
朱儁此时的职务是河南尹，董卓派使者向朱儁宣读委任诏书，任命他为太仆，并且明确是相国的副手，但朱儁不愿意接受，对董卓的使者说：“朝廷要西迁，必然让天下人失望，正好助长了关东联军的声势，我不知道这行不行。”使者对朱儁说：“任命你你拒绝接受，没问你西迁的事你却说这么多，为什么？”朱儁至少也是朝廷的部长，一个下级官吏口气不诚不敬，让朱儁很恼火：“副相国不是我所能称职的，迁都是错误的，这件事很紧急。辞去不堪之任，陈述当下之急，没什么不妥吧？”朱儁再三推辞，董卓只好作罢，让时任尚书令的王允当太仆。
在用人方面董卓最近总是吃亏上当，上过伍琼、周毖的当，又上过郑泰的当，眼前这个王允也是一名党人，曾与前大将军何进以及袁绍等人一起奋不顾身地同宦官做斗争，对于这段渊源董卓竟然不够了解，与刚刚被杀的伍琼等人相比，王允才真正深不可测。
董卓现在特别欣赏王允，这是因为王允特别能装，对于董卓做出的决定王允从不当面反对，派给他什么活，他都积极去落实。董卓对王允很满意，让他负责具体的迁都事宜，好让自己全力以赴部署与关东联军作战的事。
要迁都长安，必须先解决在关中手握重兵的左将军皇甫嵩，董卓想了一个办法，他以天子的名义征皇甫嵩为洛阳城城门校尉。
长安要成为新首都，长安所在的京兆尹就相当于河南尹了，也十分重要。目前担任京兆尹的是盖勋，就是洛阳大阅兵时跟灵帝在阅兵台上对过话的那个人，董卓以天子的名义征他为议郎。谁都能看出来，这是要解除二人的兵权。
诏书送达关中，皇甫嵩的长史梁衍建议：“董卓霸占京师，擅自废立，现在又征将军您，您如果去了，大则有生命之危，小则受困遇辱。趁现在董卓还在洛阳，天子即将西来，将军可以率众迎接至尊，奉令讨逆，袁绍等人在东，将军您在西，董卓可擒！”但皇甫嵩不敢接受这一类的建议，而是到洛阳就任。皇甫嵩一走，盖勋即使有想法也孤掌难鸣，只好随后去了洛阳。看到皇甫嵩自动送上门来，董卓大为高兴。
去年朝廷改任董卓为并州牧，诏令他把手下的人马交给皇甫嵩，董卓坚决不答应，为此跟朝廷一度陷入僵持，皇甫嵩曾上
