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还没有定论，主要有以下几种假说：
星云假说
与单恒星的形成类似，南门三系统起源于一个巨大的分子星云。星云中的物质在自身引力作用下开始坍缩，随着坍缩的进行，物质逐渐聚集并形成密度较高的区域，这些区域最终可能演化成恒星。在这个过程中，如果星云内部的物质分布不均匀，或者受到外部因素的干扰，就可能导致在不同位置同时形成多个原恒星核，其中三个原恒星核恰好形成了一个相对稳定的引力束缚系统，最终演化成南门三这样的三合星系统。
多体相互作用假说
最初可能有多个恒星或恒星胚胎在相对较小的空间区域内形成，它们之间通过引力相互作用不断地交换位置和动量。在这个复杂的过程中，一些恒星可能会因为相互之间的近距离相遇或碰撞而合并，而另一些恒星则可能会被弹出系统。南门三的三颗恒星可能是在经历了多次这样的相互作用后，最终形成了现在相对稳定的三合星结构，其中比邻星可能是在较晚的时期被南门二A和B组成的双星系统捕获而来。
恒星碰撞与合并假说
在星系的演化过程中，恒星之间的碰撞和合并是比较常见的现象。南门三系统可能是由两颗恒星先形成了一个双星系统，然后在某个时刻，一颗独立的恒星与这个双星系统发生了碰撞或近距离接触。在碰撞过程中，物质可能会在三者之间重新分配，并且通过引力的作用，三颗恒星逐渐调整它们的轨道和运动状态，最终形成了一个稳定的三合星系统。
潮汐俘获假说
南门二A和B形成双星系统后，在其运动过程中，偶然接近了一颗孤立的比邻星。在近距离相遇时，双星系统和比邻星之间产生了强烈的潮汐作用，这种潮汐力使得比邻星的运动轨迹发生改变，并逐渐被双星系统所捕获，最终形成了南门三三合星系统。不过，这种假说需要非常特殊的初始条件和精确的相遇过程，概率相对较低。
南门三三合星系统中，潮汐作用对系统中天体的轨道和演化有着多方面的影响：
南门二A和B之间的潮汐作用
- 轨道影响：由于南门二A和B距离较近，互相绕转，它们之间的潮汐作用会使彼此的形状发生轻微变形，形成潮汐隆起。这种潮汐隆起会产生额外的引力作用，导致两颗恒星的轨道逐渐发生变化，轨道偏心率可能会减小，使轨道更加接近圆形，并且两颗恒星的距离也可能会逐渐稳定在一个特定的范围内。
- 演化影响：潮汐作用会引
