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不忍心啊！你见到关东联军的各位同人，一定要勉励他们时刻不能忘了皇上！”
吕布只得自己逃命，李傕、郭汜率兵攻到未央宫南宫掖门，在这里杀了太仆鲁馗、大鸿胪周奂、城门校尉崔烈、北军越骑校尉王昕等朝廷高官。长安城里，凉州军见人就杀，见东西就抢，官民死了1万多人，在当时这是一个很大的数字。
街道上到处是尸体和烧抢的痕迹，一片混乱。王允扶着吓坏了的献帝登上宣平门，李傕等人来到城门下，伏地叩头，献帝打起精神，勉强对李傕等人喊话：“你们放纵士兵，想做什么？”李傕等人回答：“董卓忠于陛下，而无故被吕布所杀，臣等为董卓报仇，不敢造反，请求的事批准后我们自会到有关部门请罪！”凉州兵围住楼，非要让王允出来对话，他们大声质问：“董太师犯了什么罪？”王允无法回答，只好下了城楼。
凉州军重新控制了朝廷，李傕胁迫献帝任命自己为扬武将军，郭汜为扬烈将军，樊稠为中郎将。三个月后，李傕升任车骑将军兼司隶校尉，郭汜、樊稠分别升任为右将军和后将军，他们共同主持朝政。张济也升任骠骑将军，按说这个职务高于李傕的车骑将军，但他似乎受到了排挤，率本部出屯潼关以东的弘农郡一带。
和凉州集团关系密切的西部割据势力首领韩遂、马腾等人听说长安大乱，也带兵前来凑热闹，想浑水摸鱼。他们只得任命韩遂为镇西将军，让他驻扎在金城，即今甘肃省兰州市，任命马腾为征西将军，驻扎在董卓昔日苦心经营的大本营郿坞附近。
对朝廷里原有的大臣，李傕等人分别对待，有的留任，有的被杀。前车骑将军皇甫嵩因为有巨大的声望，凉州军不敢动他，改任他为太尉。不久，皇甫嵩因病去世，朝廷追赠他为骠骑将军。赵谦被任命为司徒，接替王允，马日䃅仍为太尉，杨彪担任了司空。而王允及其追随者，则被李傕等人杀了。
为凉州军立下大功的贾诩被拟任为左冯翊太守，并且准备给他封侯，被贾诩拒绝了，贾诩大概很清楚，自己出的一个主意虽然是为保命所迫，但带来了严重的后果，他哪里敢再以此居功。贾诩自愿到尚书台任职，李傕想任命他当尚书仆射，贾诩又推辞，他最后只担任了尚书，开始慢慢和凉州军那些将领们拉开了距离。
吕布出了长安，从武关道逃往南阳郡方向，在南阳郡的宛县吕布见到了袁术。吕布认为自己杀了袁氏的仇人董卓，理所应当接受袁术的谢恩，但袁术是个从来不做赔本生意的人，看在杀了董卓的面子上对吕布等人倒给了个好
