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，还出了一本《中说补》的书，这其实是一部关于中医和气功的书。由此可见，这人多少还是有些水平的，不是纯粹的江湖骗子。
朱方旦神秘的地方还不止于此。他曾经触犯过刑法，当年湖广巡抚董国兴把他押送到京师。刑部讨论后准备问斩，朱方旦已经被送到法场去了，忽然太皇太后的懿旨到了，要求释放朱方旦。
就这样，朱方旦被召到宫中，在迷信神神鬼鬼这些事情上，孝庄跟慈禧有类似的地方。她很宠朱方旦，问他事情，朱方旦居然能够屡屡说中。这样一来，朱方旦红遍紫禁城，王公贵族大都奉他为活神仙。朱方旦实在是太红了，红到他自己都觉得忙不过来，累得受不了。于是，请求康熙让自己回乡修道。康熙也批准了。
回到湖北没多久，三藩叛乱，湖北一带已经乱了。朱方旦投到顺承郡王勒尔锦的门下，勒尔锦对他非常推崇。后来，湖北巡抚张朝珍也听说了朱方旦，了解后，又对朱方旦五体投地。勒尔锦失势后，朱方旦失去了靠山，自谋生路，到江浙一带传道。
这样一个人在那个迷信的年代很容易被妖魔化，民间的传说不断地丰富着朱方旦的形象，丰富过头了，其人的真实面目就逐渐走样。孟森在《朱方旦案》中写道：“历史稍久，则传闻失实，语多怪诞，不可究诘矣。”
在乾嘉时期文人随笔中，朱方旦被描述成任我行那样的人，他羽翼丰满之后，企图带领信徒去龙虎山阴谋篡夺张真人的权，这些笔记还把朱方旦的妻子描述成狐妖。甚至说，朱方旦想攻打龙虎山是受了狐妖的怂恿。最后，张天师用计除掉了这个狐妖，朱方旦从此一路下坡，走向了穷途末路。
这些笔记的记载毫无疑问不是真实的，但确实说明了一个问题，朱方旦在民间的影响力很大，这才是朱方旦被清廷恼恨的真正原因。
清廷究竟给朱方旦治了哪些罪呢？
首先是思想罪，朱方旦传播了异端思想，违背了圣人之道。朱方旦提出了哪些异端的思想呢？首先他提出了思维在脑，这个观念比较现代，可能跟朱方旦的从医经验有关，也有可能朱方旦接触了一些西方传教士传播过来的科学知识。在中国传统思想里，主管人思维的器官是心脏，这对传统的儒家学说是一种冲击，统治者对此很快就感觉到了。
西方传教士南怀仁也曾经提出过人的思维、知识不在心里，而在大脑中。这种学说受到了一些守旧大臣的驳斥，康熙勒令南怀仁烧掉异端书籍。
朱方旦第二个罪名是以下犯上，朱方旦不过是一
