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井和盟军总司令部之间进行交易（所谓“镰仓会议”），以换取细菌战情报为条件，盟军司令部免除731部队有关人员的战犯罪责。关于这件事，石井本人曾向若干人说过。免除战犯罪责一事，早在1945年秋麦克阿瑟、威洛比和桑德斯三人就巳做出决定。桑德斯在接受记者采访，回答“你是否知道免除战犯罪责的交易”的提问时说：“是的，那是1945年秋天，我和盟军总司令部的上司威洛比少将进行商谈之后，两人一起来到了总司令办公室。我们坐在麦克阿瑟两旁。我清楚地记得当时交谈的内容。威洛比说，如果不保证不追究他们的战犯责任，就不能顺利地查明731部队的情况，是否可以由桑德斯中校出面做出这一保证呢？麦克阿瑟回答说：‘可以这样做。’威洛比问：‘桑德斯中校可以说是您的意思吗？’麦克阿瑟（默不作声地点了点头）。”为了接办桑德斯的调查工作，底特律克堡的阿沃·汤普森来到日本。他从1946年1月11日起至3月11日为止，进行了两个月的调查。这就是第二次调查。汤普森的调查，瞄准在石井的审讯上。对石井的第一次审讯是1946年1月17日在东京进行的，直到2月25日，期间断断续续地进行了审讯。1月9日，另一个部队长北野政次独身从上海乘美国飞机回国后，对他每周进行一次审讯。对石井的审讯，作为“关于日本细菌战活动的报告”，于1946年5月31日提交给化学战部队长。这个“汤普森报告”收录在本书第三章和资料一中，已有详细说明，在这里予以省略。但是，石井四郎和北野政次都不仅隐瞒了进行活体实验的事实，而且有关731部队的其他情况，也作了谨慎的供述，使之不超越“桑德斯报告”的内容。这一点有必要加以注意。
对731部队进行活体实验的调查，是以1947年初苏联要求允许审讯原部队人员开始的。国际检察局1947年1月7日打电话给盟军总司令部第二参谋部说，苏联代表要求批准他们在远东国际军事法庭上进行关于细菌战的审讯。过了两天，乌西里耶夫（苏联副检察官）发出了致威洛比（第二参谋部）的“备忘录”。这份备忘录说，731部队进行细菌研究，其实验的结果杀害了许多人。为了就这一问题提供证词，希望审讯石井四郎、菊池齐（第一部细菌研究部部长）、太田澄（第二部实战研究部部长）等三人。1月15日9时起，在东京陆军省召开了包括来自美国和苏联和翻译在内的7人会议。在会上，苏联斯米洛诺夫内容充实的说明，使美方惊叹不已。他说在平房的731部队中，进行过细菌战的
