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十人。各卫又分统于都指挥使司（简称都司），司有都指挥使，为地方最高军政长官，和治民事的布政使司，治刑事的按察使司，并称“三司”。洪武二十六年（1393）时定天下都司卫所，共计都司十七（北平、陕西、山西、浙江、江西、山东、四川、福建、湖广、广东、广西、辽东、河南、贵州、云南、北平三护卫、山西三护卫），行都司三（北平、江西、福建），留守司一（中都）。内外卫三百二十九，守御千户所六十五。成祖以后，多所增改，都司增为二十一（浙江、辽东、山东、陕西、四川、广西、云南、贵州、河南、湖广、福建、江西、广东、大宁、万全、山西、四川行都司、陕西行都司、湖广行都司、福建行都司、山西行都司），留守司二（中都、兴都）。内外卫增至四百九十三，守御屯田群牧千户所三百五十九。[142]
全国卫军都属于中央的大都督府。大都督府掌军籍，是全国的最高军事机关。洪武十三年（1380）分大都督府为中、左、右、前、后五军都督府。洪武二十六年定分领在京各卫所及在外各都司卫所。其组织如下：
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每府设左右教督各一，掌治府事。成祖以后，又改组如下：
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各地都司分隶于各都督府，其组织如下：
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和都督府相配合的机关是兵部，长官为兵部尚书，“掌天下武卫官军选授简练之政令”，其下设四清吏司，各设郎中一人，员外郎一人，主事二人：
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都督府是统军机关，各省各镇镇守、总兵官、副总兵都以三等[143]真署都督及公侯伯充任。有大征讨，则由政府指派挂诸号将军[144]或大将军前将军副将军印总兵出，事定缴印回任。明初开国时，武臣最重[145]，英国公张辅兄信，至以侍郎换授指挥同知。武臣出兵，多用文臣参赞，如永乐六年（1408）黔国公沐晟讨交趾简定，以尚书刘俊参军事
